یون های آمونیوم حاصل کاتابولیسم اسیدهای آمینه در بافت های مختلف از جمله سیستم عصبی و عضلات هستند. همچنین همواره مقداری یون آمنیوم توسط باکتری ها در روده تولید می شود. کبد یون های آمونیوم را طی واکنش های متوالی به اوره غیر سمی تبدیل می کند تا بعد از وارد شدن به گردش خون به کلیه ها رفته و از طریق ادرار دفع شود. افزایش مقدار آمونیاک هیپرآمونمیا در چندین بیماری ارثی و اکتسابی مشهود است، نقص ارثی آنزیمهای سیکل اوره، علت اصلی افزایش آمونیاک در کودکان است. علل اکتسابی شامل بیماری کبدی پیشرفته و نقص کلیوی می باشند. از سنجش آمونیاک می توان در تشخیص و درمان بیماری های شدید کبدی و همچنین انسفالوپاتی هپاتیک استفاده کرد.