اتوآنتی بادی های ضد پروکسیداز تیروئیدی یا تیروپراکسیداز با جزء پروتئینی میکروزوم های سلول های فولیکولی تیروئید، یعنی آنزیم تیروپراکسیداز واکنش نشان می دهد. این آنتی بادی معمولاً در انواع بیماری های تیروئید و 80 درصد بیماران مبتلا به تیروئیدیت هاشیموتو، 75 درصد بیماری گریوز و 15 درصد گواتر ورم کرده یا سرطان تیروئید وجود دارد. آنتی بادی های میکروزومی در پاسخ میکروزوم های خارج شونده از سلول های اپی تلیال احاطه کننده فولیکول تیروئیدی تولید می شوند و این میکروزوم ها به عنوان آنتی ژن شناسایی شده و باعث تحریک تولید آنتی بادی می شوند و در نتیجه کمپلکس ایمنی تولید شده، باعث بروز اثرات التهابی روی فولیکول های تیروئیدی می شوند.

اکثر این اتو آنتی بادی ها توسط لنفوسیت های نفوذ کننده و از بخش کوچکی از غدد لنفاوی و مغز استخوان ساخته می شوند. اغلب، آزمایش Anti-TPO را به همراه آزمایش Anti-Tg انجام می دهند و در این حالت حساسیت این آزمایش ها افزایش می یابد.