آپولیپوپروتئین A1 جزء اصلی لیپوپروتئین با دانسیته بالا (HDL) است و تقریباً 30% وزن HDL را تشکیل می دهد. آپولیپوپروتئین A1 به مقدار مساوی در روده و کبد سنتز می شود، همچنین به خاطر فعالیت کوفاکتوری در واکنش آنزیم lecithin-cholesterol-acryl-transferase (LCAT) و توانایی گرفتن کلسترول آزاد از سلول ها، نقش فیزیولوژیک مهمی را ایفا می کند. این فرایندها برای انتقال معکوس کلسترول به کبد مهم هستند. تعیین آپولیپوپروتئین در ابتدا برای تشخیص اولیه و ارزیابی خطر انسداد عروق قلبی و همچنین تشخیص نسبی اختلالات آپولیپوپروتئینمی نادر (اما واقعاً جدی) که عموماً ارثی هستند، به کار می رود. همچنین تعیین آپولیپوپروتئین در تشخیص بیماری تانژیر و یک نوع آلفا لیپوپروتئینمیا (کاهش آپو A1، کاهش کلسترول) استفاده می شود. نتیجه آنژیوگرافی مثبت مثل وجود تنگی مجرا، با یافته های پاتولوژیکی Apo A1/Apo B همراه است.