سیترات به عنوان یک اسید ضعیف در چرخه کربس ساخته می شود و همچنین می تواند از طریق رژیم غذایی وارد بدن شود. به نظر می رسد ناهنجاری های مختلف متابولیکی مثل اسیدوز متابولیک و گرسنگی بر روی کلیه ها اثر می گذارند و کلیه با القای کاهش ترشح این متابولیت به درون ادرار، غلظت سیترات را تنظیم می کند. سیترات در کلیه متابولیزه و دفع می شود. میزان تشکیل سنگ های مجاری ادراری نسبت معکوس با میزان سیترات دارد و کاهش میزان سیترات با افزایش میزان تشکیل سنگ های ادراری همراه است. این نقش محافظتی سیترات از طریق مکانیسم های مختلفی انجام می گیرد:

کاهش تشکیل نمک های کلسیم، افزایش فعالیت برخی از ماکرومولکول ها در ادرار مثل پروتئین تام- هارسفال که از تجمع اگزالات کلسیم جلوگیری می کند.

تحقیقات اخیر نشان داده است  که سیترات در پاتوژنز بیماری های متابولیک استخوان نیز می تواند نقش داشته باشد. همچنین تجویز پتاسیم سیترات، منیزیم پتاسیم سیترات به منظور افزایش سیترات و کاهش میزان تشکیل سنگ های ادراری به طور گسترده ای استفاده می شود.