ویتامین B12 یا کوبالامین یک ویتامین محلول در آب می باشد که نقش مهمی در فعالیت های مهم بدن ایفا می کند. حضور این ویتامین برای تبدیل شکل غیر فعال فولات به فعال ضروری است. میزان روزانه توصیه شده برای این ویتامین 4/2 میکروگرم می باشد. بدن انسان می تواند این ویتامین را برای 4 سال ذخیره کند. ویتامین B12 همانند اسیدفولیک، در همانندسازی ژن های هستۀ سلول نقش دارد. تکثیر سلول ها در بافت عصبی، دستگاه گوارش و مغز استخوان به حضور این ویتامین وابسته می باشد. علائم و نشانه های کمبود کوبالامین با کاهش فعالیت دو آنزیم متیونین سنتتاز و متیل مالونین-کوآمتاز در ارتباط است، که خود باعث به دام افتادن فولات به شکل 5-متیل تتراهیدروفولات می شود. این امر باعث مختل شدن سنتز DNA و بروز کم خونی مگالوبلاستیک می گردد.

کمبود ویتامین B12 همچنین باعث بروز ناهنجاری های شدید و پیشرونده عصبی می شود. گوشت، تخم مرغ و لبنیات از جمله منابع اصلی ویتامین B12 می باشند. حضور فاکتور داخلی (IF) برای جذب ویتامین B12 در رودۀ کوچک ضروری است. کمبود IF شایع ترین علت کمبود ویتامین B12 می باشد. همچنین اندازه گیری متیل مالونیک اسید (MMA) ادرار می تواند در بررسی کمبود ویتامین B12 مفید باشد. سطوح بالای MMA سرم و دفع ادراری آن می تواند معیار مناسبی از فعالیت ویتامین B12 باشد. تبدیل L-متیل مالونیل کوآنزیم A به سوکسنیل COA وابسته به حضور شکل فعال ویتامین B12 است و در صورت عدم حضور آن، تولید MMA افزایش یافته و در نتیجه در ادرار دفع می گردد.